El proyecto FreeBSD nació en los inicios de 1993 por: Nate William, Rod Grimes y Jordan K. Hubbard.
386BSD era el sistema operativo de Bill Jolitz y había estado muy desatendido durante todo un año. Al sentirse todo el grupo cada vez más desanimado, decidieron que había que hacer algo e intentaron ayudar a Bill creando esta muestra sin fallos. Estos planes se vieron frenados cuando Bill decidió de repente dejar de formar parte del proyecto.
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Decidieron seguir adelante aún sin el soporte de Bill, así que adoptaron el nombre de "FreeBSD'', sugerido por David Greenman. Su objetivo inicial era consultar con los usuarios del sistema, y, una vez aclaradas las cosas, intentar que el proyecto se convirtiese en una realidad. Se pusieron en contacto con Walnut Creek CDROM con la intención de disponer de un canal de distribución para todos aquellos que no tuvieran un fácil acceso a Internet. Walnut Creek no sólo apoyó la idea de distribuir FreeBSD en CDROM si no que aportó una máquina sobre la que desarrollar los proyectos y una rápida conexión a Internet. Sin el apoyo y la confianza que Walnut Creek depositó en un proyecto desconocido y recién nacido, es seguro que FreeBSD no hubiese podido llegar tan lejos y tan rápido como lo ha hecho.
Durante esta época, aparecieron una serie de problemas inesperados, ya que Novell y la U.C. Berkeley solucionaron su larga pugna legal sobre el estatus del Net/2 de Berkeley. Una de las condiciones del acuerdo fue la concesión por parte de la U.C. Berkeley de que Novell se hiciese cargo de gran parte del código de Net/2, ya que de hecho la había adquirido anteriormente a AT&T. Lo que Berkeley recibió a cambio fue el permiso de declarar libre la release de 4.4BSD-Lite, y que todos los usuarios existentes de Net/2 serían conminados a migrar de sistema. Esto incluyó a FreeBSD, y el proyecto obtuvo de plazo hasta Julio de 1994 para terminar de ofrecer su producto basado en Net/2. Bajo los términos de este acuerdo, se le permitió al proyecto un último release, FreeBSD 1.1.5.1.
A partir de ese momento, FreeBSD se dedicó a la ardua tarea de reinventarse a sí mismo, desde un nuevo e incompleto 4.4BSD-Lite. El proyectó terminó esta transición en Diciembre de 1994, y, en Enero de 1995 se publicó la release FreeBSD 2.0 en Internet y en CDROM. Teniendo en cuenta todos los problemas, la release obtuvo un éxito importante, seguida de la más robusta y fácil de instalar FreeBSD 2.0.5 en Junio de 1995.
En Agosto de 1996 se publicó el release 2.1.5, consiguiendo ser suficientemente conocida entre ISP y comunidades comerciales. El release 2.1.7.1 en Febrero de 1997 se convirtió en el final del desarrollo de la rama 2.1-stable.
FreeBSD 2.2 nació de la línea principal de desarrollo ("-current") en Noviembre de 1996 como la rama RELENG_2_2, el primer release completo se realizó en Abril de 1997. Los siguientes releases de la rama 2.2 fueron en verano y otoño de 1997, apareciendo la última en Julio de 1998. La primera release oficial de la rama 3.0 apareció en Octubre de 1998, siendo publicada la última release de la rama 2.2 (2.2.8) en Noviembre de 1998.
Desarrollos a largo plazo como el soporte SMP o de la plataforma DEC de ALPHA continuará en la rama 3.0-current (ya 4.0-current) y SNAPshots de la 3.0 en CDROM (y, por supuesto, en la red).